影片是从1937年的12月，南京城破开始。尽管有大批的国民党士兵溃逃出城，但与此同时，也仍然有大量不愿意投降的士兵留了下来，在这座城市的街头巷尾展开了无望而惨烈的抵抗。其中就有国民党精锐部队一员的陆剑雄（刘烨）。

    在抵抗最终失败之后，在数十万中国人的鲜血终于染红长江之后，南京全城沦为一片死地。唯一尚有生机存留的，就是位于金陵女子学院的“安全区”。在这里，大量的难民因为拉贝的“纳粹”身份而暂时获得了喘息的机会。而实际主持安全区难民工作的，则是拉贝的秘书唐先生（范伟）和归国女教师姜淑云（高圆圆）。

    但是，在日军的眼中，所谓“安全区”，只不过是一个囤积了大量女性资源的“仓库”。而拉贝的德国人身份，在强势的日本军队面前，也只不过是一块随时可以扯去的遮羞布。而中国的女人们，则用她们的身躯不仅仅拯救着隐藏在难民营的男人，也在拉贝面前书写了一段中国人坚强的历史……